Nominato Custode per la Riforma il Padre Francesco da Menabbio al 31 maggio 1598 egli rivolse al Provinciale degli Osservanti la petizione per ottenere il convento del Borgo a Mozzano, cosa che avvenne con la firma sul documento da parte del Ministro Provinciale Gio. Batta. Sempre sullo stesso documento di richiesta e di autorizzazione risulta la consegna del convento al Padre Francesco da Menabbio da parte del vicario del convento, Padre Francesco Posenti, in assenza del guardiano.

Ecco il testo: “Noi f. Francesco da Menabbio, Custode della Riforma di Firenze in virtù della Bolla nella quale si contiene che ne’ Capitoli ovvero Congregazioni Provinciali, quando si mutano le famiglie, debbano esserci assegnati i luoghi, umilmente, domandiamo a voi Ministro e a tutti gli altri Padri della Provincia di Firenze, congregati che per l’amor di Dio, si voglino compiacere a concederci il Convento del Borgo a Mozzano per servizio della nostra Riforma, confermandoci in ciò, e in ogni altra cosa annessa alla domanda, all’intenzione di detta Bolla, e nella maniera che io a mio nome, e delli miei discreti sottoscrivo col sigillo di detta Riforma”.

Seguono le firme del Frate Francesco da Menabbio e di alcuni “discreti” della Custodia. A lato, sul documento, c’è la firma del Ministro Provinciale: “Io F. Gio. Batta Ministro gli concedo il sopraddetto loco di Borgo con il consenso di tutti i Padri di questa Provincia – A dì 2 giugno 1598”.

Padre Giovannetti, in una sua nota, ci dice che il convento del Borgo si trovò a far parte, al momento della fondazione, della Provincia Lucchese degli Osservanti, definita per le sue dimensioni “Provincetta Francescana di Lucca”, costituita appena nel 1526. La vita di questa Provincia fu davvero breve, perché nel 1531 il Ministro dell’Ordine la riunì a quella di Firenze, con l’imposizione a questa di accettare la decisione.

Padre Antonio da Brandeglio, in suo scritto dal titolo “Libbro di notitie necessarie da conservarsi dalle Suore della Casa del Borgo di Lucca e dove sono notate tutte le suddette vive o’ morte – fatto 1699”, che la signora Leonilda Rondina trascrisse e pubblicò nel 1991, ci dice che, dopo l’assegnazione del convento del Borgo alla Riforma e un Capitolo tenuto a S. Cerbone: “vennero perciò li primi R.R.P.P. Reformati ad habitarlo e furno: P. Francesco da Benabbio, P. Anselmo di Vithiana, P. Theodosio di Montignoso, P. Faustino di Oneta, P. Antonio di Ghivizzano, P. Lorenzo Campana di Cerreto, P. Basilio di Casabasciana, P. Samuele di Brancoli”.

Dopo la consegna del convento ai Riformati, l’8 novembre 1602, i Vocali della Riforma, riuniti nel convento di Fiesole, elessero guardiano del Borgo il Padre Teodosio di Montignoso. In quello stesso anno ai Riformati fu tolto l’oratorio del SS. Crocifisso, che fu concesso ai padri Serviti.

Nel 1603 la Custodia fiorentina fu unita a quella Riformata senese e si formò così la Custodia Riformata Toscana. Nel 1639 (1640 per altri storici) la Custodia Riformata Toscana fu elevata a Provincia Riformata delle SS. Stimmate. Nella Congregazione del 30 aprile 1607, tenuta a Sargiano, il convento del Borgo, fu dichiarato luogo di Noviziato, pur continuando ad essere studio di filosofia. Il 26 giugno 1609, al Capitolo custodiale di San Salvatore al Monte di Firenze, fu stabilito di togliere dal Borgo lo studio delle arti e di inserirvi quello di grammatica e, il 9 giugno 1611, la Congregazione tenuta a Montecarlo, nel Valdarno, decise che nel convento del Borgo ci fosse anche lo studio teologico.