Nel 1587, con “Patente” del 3 agosto, in cui inserì anche la Bolla di Papa Sisto V, Padre Giovanni Evangelista Pellei, Ministro Generale, autorizzò la costituzione della Compagnia del Cordone, o del 3° Ordine, presso il convento del Borgo, aggregandola all’Arciconfraternita di Assisi. Questa Compagnia si dimostrò sempre preziosa per le devozioni al Crocifisso, all’Eucarestia e all’Immacolata; per la venerazione dei Santi Francesco, Antonio, Lodovico di Francia, Elisabetta d’Ungheria; nel creare le tradizioni all’indulgenza di Assisi del 2 agosto, nel curare il decoro della chiesa, il soccorso ai poveri e alle missioni. Queste sono le notizie fornite da Padre Ottaviano Giovannetti in una delle sue pubblicazioni a proposito della Compagnia del Cordone.

Tra i documenti scampati all’incendio del 1985 nella camera del guardiano, è stato ritrovato un documento, dato in Roma il 25 ottobre 1586, con cui si invia la “bolla di aggregazione….all’ Archiconfraternità di Assisi” per la “Compagnia del Cordone del Serafico Padre S. Francesco, eretta costì (a Borgo a Mozzano), con grandissimo ardore di devozione, per poter godere le copiose indulgenze e i ricchi doni spirituali concessi dalla Santità di N.S.”. Nel documento, indirizzato al “Reverendo Guardiano nostro carissimo”, si impartiscono una serie di disposizioni sul funzionamento di quella che deve essere “una semplice Confraternita di devozione”.

All’interno di un vecchio messale è stata trovata anche una cartapecora, piegata e assai ben conservata, che è proprio la “Patente” di cui si parla in premessa di questo capitolo, rilasciata dal Ministro Generale Padre Evangelista Pellei. Lo scritto, a caratteri di stampa, molto lungo e prolisso, è scritto in latino ma con l’aiuto del Prof. Giuseppe Giannelli del Borgo, che ha passato molte ore a tradurlo, è stato possibile capirne completamente il senso. Il frate Evangelista Pellei da Force (che è un paese in provincia di Ascoli Piceno), Maestro Generale di tutti gli Ordini dei Frati Minori Conventuali (negli anni dal 1586 al 1590), aggrega all’Arciconfraternita dei “Cordigeri” istituita nella Chiesa di Assisi presso l’ altare maggiore sotto il quale riposa il corpo di S. Francesco, la Confraternita (Compagnia) dei Cordigeri legalmente istituita nella Chiesa di S. Francesco in Borgo a Mozzano, comunicando così a questa tutte le indulgenze, per la remissione dei peccati, concesse da Papa Sisto V a tutti i confratelli cordigeri della stessa Arciconfraternita di Assisi. Per giustificare tale decisione il documento riporta integralmente la Bolla del 9 maggio 1586 con la quale lo stesso Sisto V concede a Clemente Bontadioso, predecessore di frate Pellei come Ministro Generale di tutto l’Ordine dei Frati Minori Conventuali, la facoltà di istituire le Confraternite dei cordigeri in qualunque Chiesa dell’Ordine, sia dei Minori Conventuali, sia dell’Osservanza (come era il convento del Borgo), sia dei Cappuccini, con facoltà di aggregarle all’Arciconfraternita di Assisi. Il documento risulta dato in Roma (forse nella Chiesa di Cristo Salvatore) nella data del 3 Agosto 1587.