Nel 1943 i discorsi ricorrenti dei notiziari e dei giornali furono sulla guerra. Nel maggio di quell’anno, la città di Livorno subì un massiccio bombardamento aereo e pochi giorni dopo il convento del Borgo si trasformò in asilo per gli sfollati livornesi, accogliendo l’Istituto Giovanni Pascoli con più di 250 bambine, tutto il personale e le suore, per un totale di 300 persone. In quel periodo ci fu anche un incendio al convento che provocò vari danni. “Il paese – si legge nelle Cronache – seguì l’esempio dei Padri e si mostrò premuroso, porgendo ogni aiuto con passione e carità cristiana”. Gli sfollati dell’Istituto Pascoli fecero ritorno a Livorno soltanto nel febbraio 1946.

L’accoglienza agli sfollati delle città bombardate, come Livorno, non riguardò solo il convento del Borgo; dal libro di “Memorie” di Padre Giovannetti si apprende che il primo giugno del 1943 al convento di S. Cerbone di Lucca furono inviati i “cronici” (circa 90 donne) dell’ospedale Costanzo Ciano di Livorno, “città martoriata dagli aerei nemici”. Prestavano loro assistenza 8 suore del Cottolengo. Nel novembre 1944, rientrò dal servizio militare p. Lorenzo Cecchini che riprese il suo incarico di superiore provvisorio, per un minimo di vita religiosa. Borgo a Mozzano fu raggiunto dalle truppe alleate alla fine del settembre 1944 e i tedeschi si ritirarono sul fronte della Garfagnana, oltre Gallicano. Per il Natale del 1944, come dicono le Cronache, il convento era letteralmente gremito di sfollati, perché erano ancora presenti le bambine ed il personale dell’Istituto Pascoli.