Il coro, anche all’attualità, è assai bello. Realizzato in legno di noce, ha ventidue comodi stalli disposti in duplice ordine, tre piccoli leggii davanti agli stessi stalli ed un grande leggio girevole, al centro, per i libri di musica (corali) che i frati potevano leggere dal loro posto. Sul davanti degli stalli ci sono degli “strapuntini” in legno, estraibili, che servivano per far sedere i chierici e i novizi, quando tutti gli scranni erano occupati. Dinanzi ai sedili ci sono diversi sportelli che abbiamo trovato pieni di calce: erano le sputacchiere usate dai frati durante le funzioni.

L’uso del nodo strutturale “sacrestia-scale-coro” era assai necessario, perché i frati avevano bisogno di raggiungere facilmente la chiesa, la sacrestia ed il coro, dove si recavano anche nelle ore notturne per la recita delle laudi.

Nel 1724 abbiamo notizia dell’apertura di una nuova porta per raggiungere il coro, dalla stanza in fondo al campanile, scomparsa dietro gli stalli del coro costruiti nel 1729. La porta è ancora visibile perché nel vano è stato realizzato un armadio per gli arredi della chiesa. Nel 1729, il Padre Francesco da Benabbio, tornato dalla Maddalena di Napoli, ove era stato confessore, procurò che con le sue fatiche si ricostruisse il Coro, che “per antichità era tarlato”. Per il lavoro furono chiamati i legnaioli della Provincia, i frati falegnami Stefano da Reggello, Ginepro da Meati e Ginepro delle Balze. I primi due avevano già lavorato alla sacrestia nel 1725.

Nel coro, in alto, poco visibili al pubblico, si trovano due tele, di cui non vi è traccia nei vari documenti del convento:

– a destra un olio raffigurante Santo Stefano Martire (misure della tela cm. 100 x 158) inserito in una cornice di stucco, di autore ignoto del XVII secolo, in cattivo stato di manutenzione;

– a sinistra, di fronte al precedente, un altro olio su tela raffigura San Giovanni Evangelista. Le misure sono uguali a quelle del quadro di S. Stefano; ugualmente di autore ignoto e datato al XVII secolo. Anche questa tela è inserita in una cornice di stucco ed è in cattivo stato di manutenzione.