Al centro del chiostro c’è un pozzo (cisterna) fabbricato nel 1551 “come si vede inciso sopra la pietra che sta in fondo alla cisterna”, sulla quale è riportato anche il nome del guardiano che la fece costruire: Padre Raffaello da Controne. Il pozzo era coperto da un tetto sostenuto da colonne di mattoni. Oggi la cisterna, che è ancora alimentata da acqua limpida, non ha più la copertura originale; l’attuale è in lamiera sostenuta da colonne in ferro. Nel corso del 2012 si è proceduto ad un restauro dell’intonaco esterno del pozzo ed alla realizzazione di una grata che permette di vedere l’acqua della cisterna.